Para este tipo de decisiones hay 2 enfoques:

Enfoque 1.
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1-Hacer una lista de varias areas que te parecen imporantes , por ejemplo : Ubicacion geografica, salario, cuan satisfactorio es el trabajao, etc. A cada area darle un peso, que puede ser porcentual.

Ejemplo:
Valoracion de los dif puntos.
a Ubicacion 20%
b Salario 20%
c Posibilidades de progreso futuro 20%
d Beneficios seguro de salud etc. 10%
e Interes en el area 30%

En general recomendan no basarse prioritatiramente en el salario sino en otros beneficios tambien, para asegurarase la satisfaccion laboral.

2-Para cada trabajo darle u puntaje de 1 a 10 en cada area

Area, Trabajo x, Tabajo y
a , 5 , 6
b , 7 , 6
c , 8 , 9
d , 8 , 5
e , 3 , 8
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Luego multiplicar los puntajes por los pesos:

Total trabajo X = 5 * 0.2 + 7 * 0.3 + 8 *0.2 + 8*0.1 + 3*0.2
Total trabajo Y = 6 * 0.2 + 6 * 0.3 + ...etc.

Al final comparas los totales y el trabajo que tiene mayor puntaje seria el mejor.

Este es metodo es recomendado en el Engineering Career Services de la Univ de Wisconsin para evaluar alternativas de trabajo. (http://ecs.engr.wisc.edu/)
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Metodo 2.
Elige el que te parezca mejor sin pensar mucho. Segun algunas teorias psicologicas para las decisiones mas importantes no hay que racionalizarlas mucho sino que hay que ir con lo que a uno le dice el corazon, por ejemplo elegir una pareja, un trabajo, un lugar para vivir. Segun esta teoria el subconsciente puede tomar una mejor decision porque tiene en cuenta elementos intangibles que son dificilies de analizar en forma racional.
(Fuente: Blink: The Power of Thinking Without Thinking por Malcom Gladwell)
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Cual es mejor? No se quiza me inclino por un compromiso entre ambos, por ejemplo usar el metodo 1 como orientacion pero basar la decision final en el "gut feeling" o corazonada que tienes sobre ambos trabajos.