Creo que deberias disponer de datos de todos los materiales de tu proceso. Si algunos son productos comerciales cuya composicion desconoces puedes obtener las hojas de seguridad MSDS de los mismos, y alli debiera estar el numero CAS, el cual te permitira identificar los compuestos. Aconsejo hablar con los proveedores de tus materiales sobre este problema.

Los compuestos quimicos causantes estan relacionados con las operaciones y reactivos utilizados en cada proceso por la cuales dificil predecir que compuestos afectan y en que cantidad.
Para poder reducir la cantidad de contaminantes , primero deberias plantear en un diagrama de flujo del proceso aquellos puntos en donde se produce la contaminacion (mapa de generacion) y cuando se produce la misma. Muchas veces la contaminacion es debido a paradas frecuentes del proceso o mala operacion de algunos equipos.
En funcion de esto podrias cuantificar los diferentes efectos de cada sector y ver los principales contaminantes .Si estos ultimos pueden ser originados por reacciones quimicas secundarias y no conocemos su composicion se puede tratar de analizar en lab. especialiados

Se podría deber a una recogida importante de abonos. Para solucionar este problema se realiza un buen tratamiento biológico, para eliminar el N2, ojo con los nitratos y nitritos, y debes de estudiar también una precipitación controlada de fosfatos.